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Werden bei aktivierter Option »Dateien im Zielverzeichnis löschen, die nicht im Quellverzeichnis vorhanden sind« leere Ordner im Zielverzeichnis nicht gelöscht, so könnte dies daran liegen, dass Sie die Schaltfläche »Verz. ohne Dateien« (Verzeichnisse ohne Dateien anzeigen) in der Toolbar oberhalb der Vergleichsliste nicht aktiviert haben.

Hintergrund: Der Synchronisationsvorgang wird nur für Dateien und Verzeichnisse durchgeführt, die in der Vergleichsliste sichtbar sind. Blenden Sie hier Dateien oder Verzeichnisse aus, so werden diese nicht synchronisiert.